Zunächst scheint ein Studium an der Münchner Akademie für Tonkunst (heute die Hochschule für Musik und Theater), das Eugen Jochum aufnehmen will, für die Familie unbezahlbar – vor allem aufgrund der einsetzenden Inflation. 1922 ermöglicht jedoch die großzügige finanzielle Unterstützung durch einen Großonkel aus Amerika Eugen Jochum die Aufnahme in die Akademie. Bei Joseph Haas und Hermann von Waltershausen studiert Jochum zunächst Komposition, bei Emanuel Gatscher Orgel.
In die Meisterklasse für Dirigieren bei Siegmund von Hausegger, dem damaligen Präsidenten der Akademie und Chefdirigenten der Münchner Philharmoniker, wird Jochum erst aufgenommen, nachdem er bei einigen Proben mit dem Orchester der Akademie überzeugen konnte – zuvor hatte man ihm noch bescheinigt, aus ihm werde nie ein Dirigent. Neben Siegmund von Hausegger, mit dem Eugen Jochum bis zu dessen Tod 1948 eng verbunden bleibt, ist es in dieser Zeit auch der Generalmusikdirektor des Nationaltheaters München, Hans Knappertsbusch, der den jungen Eugen Jochum inspiriert und prägt. Jochum ist 1924/25 als Korrepetitor am Nationaltheater tätig.
Auf den 9. April 1925 fallen zwei entscheidende Begegnung für Eugen Jochum: Bei einem Treffen der Katholischen Jugendbewegung auf Burg Rothenfels lernt er Maria Montz, seine spätere Frau, sowie den Religionsphilosophen Romano Guardini kennen. Die Hochzeit mit Maria folgt 1927, die erste Tochter Veronica kommt 1932 zur Welt. Romano Guardini wird zu einem der wichtigsten Freunde und Begleiter Jochums. Guardini, der sich in seinen Schriften auch mit der Metaphysik der Kunst beschäftigte, bietet dem tiefgläubigen Dirigenten durch Gespräche immer wieder Anlass und Gelegenheit zur Selbstreflektion und Selbstvergewisserung.