Am 1. November 1902 wird Eugen Jochum in Babenhausen bei Augsburg als drittes Kind von Judith und Ludwig Jochum geboren. Die Familie ist geprägt durch den katholischen Glauben und den Beruf des Vaters Ludwig, der, wie schon sein Vater Andreas Jochum vor ihm, seit 1894 als Lehrer in Babenhausen tätig war. Dies beinhaltete damals auch die Tätigkeit als Organist (hauptsächlich an der dortigen St. Andreas-Kirche) und die Leitung der örtlichen Orchester und Chöre. Früh erhält Eugen Jochum Orgel- und Klavierunterricht, wirkt in den Ensembles seines Vaters mit und hilft als Organist in den Kirchen der umliegenden Gemeinden aus, darunter auch in der Klosterkirche Ottobeuren. Seine Geschwister Otto (*1898), Mathilde (*1900) und Georg Ludwig (*1909) sind ebenso musikalisch aktiv. Genau wie die tiefe Verwurzelung in der katholischen Kirche und den katholischen Glaubensinhalten gehört auch das Musizieren zum Alltag der Familie. Eugen Jochum beginnt im Alter von acht Jahren mit ersten Kompositionsversuchen.
1914 erfolgt die Aufnahme Eugen Jochums in das Internat des Benediktiner-Gymnasiums St. Stephan in Augsburg. Dafür muss Jochum das Elternhaus in Babenhausen verlassen. In dem stark musisch geprägten Gymnasium kann Jochum neue musikalische Erfahrungen sammeln. Daneben erhält er am Augsburger Leopold-Mozart-Konservatorium Unterricht in den Fächern Klavier, Orgel und Kontrapunkt. Langsam entsteht der Berufswunsch des Kirchenmusikers. Doch durch das Studium von Klavierauszügen und Besuche bei den Opernfestspielen im nahen München lernt Jochum die großen Werke des Musiktheaters kennen. Vor allem die Begegnung mit Richard Wagners Tristan und Isolde ist es, die ihn dazu bewegt, nun eine Laufbahn als Theaterkapellmeister anzustreben. Den Klavierauszug des Werks hatte Jochum während einer längeren Krankheit auswendig gelernt.