1934 erfolgt die Berufung zum Generalmusikdirektor sowohl des Stadt-Theaters Hamburg (als Nachfolger Karl Mucks) als auch des Philharmonischen Orchesters Hamburg (als Nachfolger Karl Böhms). Zur gleichen Zeit werden beide Orchester zum Philharmonischen Staatsorchester Hamburg fusioniert, das fortan sowohl den Konzert- als auch den Opernbetrieb bestreiten muss. Hierbei leistet Eugen Jochum wesentliche Aufbauarbeit, er wird zum Staatskapellmeister ernannt. Zu einem der größten Erfolge Jochums als GMD in Hamburg zählt die Uraufführung der Originalfassung von Modest Mussorgskys Boris Godunow 1936.
Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs ist Eugen Jochum einer der wenigen deutschen Dirigenten, die ihren Posten behalten dürfen. Einer der Gründe dafür ist sicherlich, dass Eugen Jochum nie Parteimitglied der NSDAP war, obwohl man ihm dies, so Jochum, seitens des NS-Regimes aufgrund seiner öffentlichen Stellung angeblich mehrmals nahegelegt habe und obwohl er auch Konzerte leitete, die von der NSDAP für ihre Zwecke vereinnahmt wurden (wie z.B. KdF-Konzerte oder Auslandstourneen in die besetzen Gebiete wie Holland und Frankreich). Gelegentlich setzte sich Eugen Jochum für die Werke politisch geächteter Komponisten ein.